La contaminación microbiológica es la intervención involuntaria de microorganismos como bacterias, hongos, virus, levaduras, entre otros. Su existencia puede causar riesgos o alteraciones en los procesos industriales. Estos microorganismos son de tamaño microscópico y las fuentes de contaminación  ocurren en un entorno natural, sean estos agua, tierra, aire, etc. Y al estar presente puede resultar un riesgo de contaminación alimentaria.